En 1516, la mort de Ferdinand d'Aragon à qui succède Charles Quint entraîne le renvoi de Juan Velázquez et donc l'éloignement d'Ignace. En 1517, Ignace entre dans l'armée du duc de Lara vice-roi de Navarre, récemment rattachée au Royaume de Castille (1512). Le 20 mai 1521^[3], alors qu'il a atteint l'âge de trente ans, il participe au siège de Pampelune (Navarre), ville qu'il défend face aux troupes franco-navarraises appuyées par François I^er qui cherche à récupérer la couronne de Navarre au bénéfice de la famille du vicomte de Béarn Henri d'Albret. Submergés par le nombre, les Espagnols veulent se rendre, mais Ignace les exhorte à se battre. Une jambe blessée et l'autre brisée par un boulet de canon il est ramené à son château et « opéré », mais sa jambe droite reste plus courte de plusieurs centimètres, et ce pour le restant de sa vie^[4], l'empêchant définitivement de revenir dans l'armée espagnole. 

Durant sa convalescence, faute de trouver les célèbres romans de chevalerie du temps^[5], il lit de nombreux livres religieux comme une Vie de Jésus de Ludolphe le Saxon en quatre volumes ou la Légende dorée de Jacques de Voragine, richement illustrée^[6]qui narre les faits et gestes de saints. Dans un mélange de ferveur et d'anxiété, il voit en songe lui apparaître « Notre-Dame avec le Saint Enfant Jésus », il rejette « sa vie passée et spécialement les choses de la chair^[7] ».

Il ne songe plus qu'à adopter une vie d'ermite et suivre les préceptes de saint François d'Assise et d'autres grands exemples monastiques. Il se décide à se dévouer entièrement à la conversion des « infidèles » musulmans en Terre sainte, avec la prétention de les convertir tous au Christianisme, fidèle en cela à l'esprit du conquistador. Par ailleurs, Ignace, en signe d'expiation veut partir en pèlerinage et toute sa vie, il recherchera les sites consacrés à la dévotion chrétienne. Il devint pèlerin dans la tradition médiévale, « el pelegrino », ainsi qu'il titre ses souvenirs dicté à Luis Gonçalves de Camara à la fin de sa vie^[8]. 

chapelle